Katalogi UNIXa, podobnie jak w systemach DOS i Windows, mają strukturę drzewiastą.
Przykładowa struktura katalogów:

drzewo

/     oznacza katalog główny
.     oznacza katalog bieżący
..     oznacza katalog położony "wyżej" w strukturze katalogów

Pełna nazwa katalogu: /usr/users/students/jkowalski
Pełna nazwa pliku alfa: /usr/users/students/jkowalski/alfa


W systemie UNIX rozszerzenia nie mają tak istotnego znaczenia jak w systemach DOS lub Windows, rozszerzenie ma tu zwykle jedynie charakter informacyjny. Dla własnego bezpieczeństwa w nazwach plików i katalogów należy unikać znaków specjalnych i ograniczyć się tylko do liter, cyfr, kropki i podkreślenia.
Prawidłowe nazwy plików:     alfa.txt     beta6.dat.txt     Ala_ma_kota.20.gif

System UNIX rozróżnia duże i małe litery!!

Po stukturze plików i katalogów można poruszać się używając terminala tekstowego i linii poleceń lub korzystając ze środowiska graficznego. Na pierwszych zajęciach studenci poznają dostępny na serwerze system plików i katalogów oraz tworzą, usuwają, kopiują, etc. pliki i katalogi m.in. przy wykorzystaniu środowiska graficznego.